C'est vraiment tes histoire de dossier je pense. Il semble que tu as souvent modifier le dossier d'installation v4.1, v4.5 et v4.6 apparaissaient encore dans l'index de google quand cette discussion à commencée, et aujourd'hui :
http://www.google.fr/search?hl=fr&q=sit ... 2Fv4.1%2F& => 99
http://www.google.fr/search?hl=fr&q=sit ... 2Fv4.5%2F& => 43
http://www.google.fr/search?hl=fr&q=sit ... 2Fv4.6%2F& => 298
C'est typiquement ce qu'il ne faut pas faire, migrer avant d'avoir migrer.
Je pense qu'il est désormais urgentissime de ne plus rien faire à tes url, d'attendre que seul v4.6/ soit pris en compte.
Tu pourrais je pense aider Google en interdisant v4.1/ et v4.5/ par robots.txt. Dans le cas général, il vaut mieux laisser les 301 à l'oeuvre, mais dans ton cas, il est urgent que Google trouve des HTTP 200 en plus grand nombre que des 301, histoire qu'il se remette à crawler normalement.
Observe bien l'évolution de l'indexation des trois dossiers pris en compte, si le contenu de v4.6/ augmente et que les autres diminuent, c'est bon signe, pour le rythme, il faut s'attendre à ce que Google soit un peu lent, c'est pas dis que ton site soit pénalisé / sandboxé, mais c'est pas impossible.
Il y a en tous cas des chances qu'il ait ralenti son crawl.